R Markdownでレポート作成 のバックアップ(No.3) - 闘うITエンジニアの覚え書き

sample.Rmd

---
title: "Sample1"
author: "Daisuke.M"
date: '`r Sys.time()`'
output: html_document
---

```{r include = F, message = F, warning = F}
library(knitr)
```

```{r echo = F}
plot(iris$Sepal.Length, iris$Sepal.Width)
```

library(rmarkdown)
render("sample.Rmd")

Rmd の先頭で --- から --- の間に基本的な設定を YAML形式で記述する。

参考
https://rmarkdown.rstudio.com/lesson-9.html
https://bookdown.org/yihui/rmarkdown/html-document.html

---
title: "Sample1"
author: "Daisuke.M"
date: '`r Sys.time()`'
output:
  html_document:
    includes:
      in_header: header.html
      before_body: doc_prefix.html
      after_body: doc_suffix.html
---

コードチャンクにオプションを設定する事で、挙動の微調整ができる。

参考
https://rmarkdown.rstudio.com/lesson-3.html
https://yihui.name/knitr/options/

基本的なオプション

使用例)

## 実行時のコードは出力しない
```{r echo = F}
plot(iris$Sepal.Length, iris$Sepal.Width)
```

## ファイルに出力
```{r echo = F, include = F}
png("plot1.png")
plot(iris$Sepal.Length, iris$Sepal.Width)
dev.off()
```

前後をバックスラッシュで囲む事によってインラインコードを記述可能。

参考
https://rmarkdown.rstudio.com/lesson-4.html

### 日付を出力
`r Sys.time()`

尚、基本設定の YAML 部分に書く場合は シングルクォートで括る必要がある。

---
  :
date: '`r Sys.time()`'
  :
---

Rmd 側で使用する値をパラメータ化しておいて、render 時に呼び出し側から渡す事が出来る。
参考: https://rmarkdown.rstudio.com/lesson-6.html

knitr::kable を使用すると データフレームの内容を HTML 等の表(table)として描画する事ができる。
参考
https://rmarkdown.rstudio.com/lesson-7.html

```{r echo = F}
kable(head(iris, 10))
```

出力が縦長になりすぎる場合などは、タブ化できる。

参考
https://bookdown.org/yihui/rmarkdown/html-document.html#tabbed-sections

### タブの描画 {.tabset}

#### By Product

```{r echo = F}
plot(iris$Sepal.Length, iris$Sepal.Width)
```

#### By Region

```{r echo = F}
plot(iris$Petal.Length, iris$Petal.Width)
```

基本的な Markdown 記法はそこそこサポートしてる模様。

参考
https://rmarkdown.rstudio.com/lesson-8.html

### Markdown記法

- リスト1
    - **AAA**
    - **BBB**
- リスト2
    - **CCC**
    - **DDD**

1. リスト1
    - *AAA*
    - *BBB*
1. リスト2
    - *CCC*
    - *DDD*

| col1 | col2 |
|:-----|:-----|
| val1 | val2 |
| val3 | val4 |

python など他の言語でコードチャンクを書くための仕組みが提供されている。

参考
https://rmarkdown.rstudio.com/lesson-5.html
https://bookdown.org/yihui/rmarkdown/language-engines.html

sample.Rmd

```{r include = F, message = F, warning = F}
library(knitr)
library(reticulate)
```

```{python}
x = [i for i in range(10)]
print(x)
```

使用する python のパスを明示したい場合は、呼び出し側で use_python で設定するか、
コードチャンク側で {python, engine.path = '/usr/bin/python3'} のように指定する事も可能。

例) 呼び出し側で指定する場合

library(rmarkdown)
library(knitr)
library(reticulate)
use_python("/usr/bin/python3")
render("sample1.Rmd")

例) コードチャンク側で指定する場合

```{python, engine.path = '/usr/bin/python3'}
x = [i for i in range(10)]
print(x)
```