![[PukiWiki]](image/pukiwiki.png "[PukiWiki]")
目次 †概要 †Rの集計、分析結果を Markdown形式で作成するための R Markdown というパッケージが提供されている。 インストール †とりあえず rmarkdown と knitr をインストール。 install.packages("rmarkdown")
install.packages("knitr")
install.packages("reticulate") # コードチャンクを python などの他言語で書く場合は必要
基本的な使い方 †Markdown 形式のファイルを拡張子 Rmd で作成し、render するだけ。 .Rmd の作成 †sample.Rmd ---
title: "Sample1"
author: "Daisuke.M"
date: '`r Sys.time()`'
output: html_document
---
```{r include = F, message = F, warning = F}
library(knitr)
```
```{r echo = F}
plot(iris$Sepal.Length, iris$Sepal.Width)
```
rmarkdown::render の実行 †library(rmarkdown)
render("sample.Rmd")
これだけで sample.html が出力される。 .Rmd の記述方法 †基本設定 †Rmd の先頭で --- から --- の間に基本的な設定を YAML形式で記述する。 参考 ---
title: "Sample1"
author: "Daisuke.M"
date: '`r Sys.time()`'
output:
html_document:
includes:
in_header: header.html
before_body: doc_prefix.html
after_body: doc_suffix.html
---
コードチャンク †コードチャンクにオプションを設定する事で、挙動の微調整ができる。 参考 基本的なオプション
使用例) ## 実行時のコードは出力しない
```{r echo = F}
plot(iris$Sepal.Length, iris$Sepal.Width)
```
## ファイルに出力
```{r echo = F, include = F}
png("plot1.png")
plot(iris$Sepal.Length, iris$Sepal.Width)
dev.off()
```
インラインコード †前後をバックスラッシュで囲む事によってインラインコードを記述可能。 参考 ### 日付を出力 `r Sys.time()` 尚、基本設定の YAML 部分に書く場合は シングルクォートで括る必要がある。 --- : date: '`r Sys.time()`' : --- パラメータ化 †Rmd 側で使用する値をパラメータ化しておいて、render 時に呼び出し側から渡す事が出来る。 参考 ---
title: "Sample1"
params:
param1: "blank"
output: html_document
---
```{r echo = F}
print(params$param1)
```
呼び出し側 library(rmarkdown)
render("sample1.Rmd", params = list(param1 = "test12345"))
実行結果 ## [1] "test12345" 表の描画 †knitr::kable を使用すると データフレームの内容を HTML 等の表(table)として描画する事ができる。 ```{r echo = F}
kable(head(iris, 10))
```
タブの描画 †出力が縦長になりすぎる場合などは、タブ化できる。 参考 ### タブの描画 {.tabset}
#### Tab1
```{r echo = F}
plot(iris$Sepal.Length, iris$Sepal.Width)
```
#### Tab2
```{r echo = F}
plot(iris$Petal.Length, iris$Petal.Width)
```
基本的な Markdown記述 †基本的な Markdown 記法はそこそこサポートしてる模様。 参考 ### Markdown記法
- リスト1
- **AAA**
- **BBB**
- リスト2
- **CCC**
- **DDD**
1. リスト1
- *AAA*
- *BBB*
1. リスト2
- *CCC*
- *DDD*
| col1 | col2 |
|:-----|:-----|
| val1 | val2 |
| val3 | val4 |
R以外の言語で書く場合 †python など他の言語でコードチャンクを書くための仕組みが提供されている。 参考 sample.Rmd ```{r include = F, message = F, warning = F}
library(knitr)
library(reticulate)
```
```{python}
x = [i for i in range(10)]
print(x)
```
使用する python のパスを明示したい場合は、呼び出し側で use_python 、use_virtualenv、use_condaenv 等で設定するか、 例) 呼び出し側で指定する場合 library(rmarkdown)
library(knitr)
library(reticulate)
use_python("/usr/bin/python3")
render("sample1.Rmd")
例) コードチャンク側で指定する場合 ```{python, engine.path = '/usr/bin/python3'}
x = [i for i in range(10)]
print(x)
```
画像などを base64 エンコードして埋め込みたくない場合 †基本的に全てのデータは html に内包する形で出力される。 例えば、以下の様にグラフをファイルに出力した後に、img タグを描画した場合でも、 sample1.Rmd ### ファイル出力後に img タグを描画
```{r echo = F, include = F}
png("plot1.png")
plot(iris$Sepal.Length, iris$Sepal.Width)
dev.off()
```
<!-- imgタグを出力 -->
出力結果 <div id="-img-" class="section level3"> <h3>ファイル出力後に img タグを描画</h3> <!-- imgタグを出力 --> <div class="figure"> <img src="data:image/png;base64,iVBORw0KGg ..." > </div> </div> これは script タグや css でも同様で、以下の様に記述した場合 <link rel="stylesheet" href="style.css"> <script src="script.js"></script> それぞれのファイルの内容が css は urlエンコード、js は base64エンコードされてHTMLに埋め込まれる形となる。 生成結果 <link href="data:text/css;charset=utf-8,h1%20%7B%0Acolor%3A%20red%3B%0A%7D" rel="stylesheet"> <script src="data:application/x-javascript;base64,YWxlcnQoInRlc3QhIik7"></script> 埋め込まずに出力したい場合は、self_contained = false を指定する。 ---
title: "Sample1"
author: "Daisuke.M"
date: '`r Sys.time()`'
output:
html_document:
self_contained: false
---
<link rel="stylesheet" href="style1.css">
<script src="script1.js"></script>
生成結果 <link rel="stylesheet" href="style1.css"> <script src="script1.js"></script> 自動的に組み込まれる js 等について †上記の通り self_contained: false にして出力した結果を見ると、 <script src="sample1_files/jquery-1.11.3/jquery.min.js"></script> <meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1" /> <link href="sample1_files/bootstrap-3.3.5/css/bootstrap.min.css" rel="stylesheet" /> <script src="sample1_files/bootstrap-3.3.5/js/bootstrap.min.js"></script> <script src="sample1_files/bootstrap-3.3.5/shim/html5shiv.min.js"></script> <script src="sample1_files/bootstrap-3.3.5/shim/respond.min.js"></script> <script src="sample1_files/navigation-1.1/tabsets.js"></script> <link href="sample1_files/highlightjs-9.12.0/default.css" rel="stylesheet" /> <script src="sample1_files/highlightjs-9.12.0/highlight.js"></script> : |
